domingo, 13 de septiembre de 2009

Crítica de www.resata.org

Crítica para la mejora de www.resata.org

HAY QUE AGREGARLE UN TITULO A LA WEB, YA QUE APARECE COMO “DOCUMENTO SIN TITULO”. EL TITULO ES ALGO QUE NO HAY QUE OLVIDAR PORQUE DA A CONOCER A LOS DEMAS LO QUE ESTAMOS OFRECIENDO, EN ESTE CASO LA WEB DE RESATA.

SE PODRIA REDUCIR LA IMAGEN O LOGO (“EL EDIFICIO”) DE RESATA PARA APROVECHAR MEJOR EL ESPACIO EN LA VENTANA DEL NEVEGADOR.

EL TAMAÑO DE LAS FUENTES QUE MUESTRAN EL CONTENIDO DE LAS DIFERENTES SECCIONES ES DEMASIADO PEQUEÑA, LO CUAL PUEDE MOTIVAR QUE EL USUARIO SE DESINTERESE POR LEER EL CONTENIDO. SERIA MEJOR PONER FUENTES MAS GRANDES.

AL ACCESAR POR PRIMERA VEZ A LA PAGINA ES UN POCO LENTA LA CARGA, ESTO PUEDE AFECTAR A USUARIOS QUE NO DISPONGAN DE UNA BUENA CONEXIÓN A INTERNET, LO CUAL PUEDE PROVOCAR DESINTERES POR VISITAR EL SITIO.

EN LA SECCION DE PROYECTOS, VISUALMENTE ES ATRACTIVO QUE LOS ENLACES A LAS WEBS DE LOS DISTINTOS PROYECTOS ESTEN ROTANDO, PERO PUEDE RESULTAR ALGO MOLESTO PARA OTROS USUARIOS. SERIA MEJOR MOSTRAR LOS ENLACES SIN “ROTACION” Y TAMBIEN QUE SE MUESTRE UNA BREVE DESCRIPCION DE TODOS LOS PROYECTOS SIN NECESIDAD DE ACCESAR A LA WEB OFICIAL DE CADA PROYECTO.

AL RETORNAR DE VISITAR ALGUN PROYECTO SERIA MEJOR QUE NOS POSICIONARA EN LA SECCION DE PROYECTOS Y NO AL INICIO DE RESATA.

EN LA SECCION DE CONTACTO, NO MUESTRA SI EL MENSAJE QUE UNO QUIERE ENVIAR FUE MANDADO CON ÉXITO O HAY ALGUN ERROR.

EN MI OPINION HAY QUE MEJORAR EN LA WEB DE RESATA ES:
ACCESIBILIDAD. NO USAR TANTA ANIMACION, PORQUE SE VUELVE MUY PESADA LA CARGA DEL SITIO Y HAY QUE TOMAR EN CUENTA LOS DIFERENTES FACTORES QUE PUEDEN AFECTAR UNA BUENA VELOCIDAD DE CONEXIÓN A INTERNET, POR EJEMPLO, SI UNO ACCESA DESDE UN CIBERCAFE, PUEDE QUE LA CONEXIÓN SE VUELVA TEDIOSA YA QUE POR LO GENERAL HAY VARIOS USUARIOS VISITANDO DIFERENTES SITIOS AL MISMO TIEMPO; O TAMBIEN HAY QUE TOMAR EN CUENTA QUE NO TODOS LOS USUARIOS CUENTAN CON LO MAS NOVEDOSO EN EQUIPO DE COMPUTO LO CUAL PUEDE AFECTAR LA VISITA AL SITIO; OTRO PUNTO ES TOMAR EN CUENTA LOS DIFERENTES NAVEGADORES WEB QUE PUEDEN USAR LOS VISITANTES Y ANALIZAR SI EL SITIO ES BIEN VISUALIZAOD O NO POR ESTOS; ETC.

domingo, 6 de septiembre de 2009

Modelado molecular usando Spartan

SPARTAN


Spartan es un prestigioso entorno de modelado molecular fruto de los más de 15 años de experiencia de Wavefunction en desarrollo comercial de software. Las ya sobresalientes prestaciones, estabilidad y funcionalidades de Spartan se han visto ampliadas y mejoradas en su lanzamiento más reciente: Spartan’06 para Windows y Spartan’06 para Linux.

Nunca antes tanta química computacional había sido accesible de una forma tan intuitiva. El objetivo ambicioso de poner la química computacional al alcance de cualquier químico se refleja en el criterio de diseño global del programa: “acceso cómodo a un conjunto completo de modelos de mecánica molecular y química cuántica”. Esto es lo que distingue claramente a Spartan de otros paquetes de modelado molecular, pues le permite no ser una herramienta exclusiva para químicos computacionales familiarizados con las capacidades de los métodos de mecánica molecular y química cuántica. Así por ejemplo, los químicos experimentales que pueden tener poca o ninguna experiencia previa encuentran en Spartan la herramienta que les permite usar los cálculos de forma similar a técnicas experimentales como la espectroscopia RMN.

Los cálculos de mecánica molecular y de química cuántica ocupan posiciones de relevancia creciente en la química moderna y en las disciplinas relacionadas con ésta. Tradicionalmente éstos métodos han servido para proporcionar información sobre estructuras, estabilidades relativas y otras propiedades de moléculas aisladas. Gracias a la simplicidad inherente a los cálculos de mecánica molecular, la aplicación de éstos a moléculas complejas se ha extendido muy ampliamente. Más exigentes y costosos en tiempo de cálculo son los métodos de química cuántica, incluyendo los cálculos de orbitales moleculares de Hartree-Fock y, especialmente, los cálculos de correlaciones electrónicas. Sólo más recientemente, gracias a la disponibilidad de ordenadores suficientemente veloces, ha sido posible la utilización rutinaria también de éstos últimos métodos.

Con frecuencia se recurre a cálculos de química cuántica para aportar información sobre mecanismos y distribuciones de productos en reacciones químicas, tanto directamente mediante cálculos sobre los estados de transición como indirectamente modelando los requerimientos estéricos y electrónicos de reactivos y productos. Cada vez son más habituales los cálculos cuantitativos que conducen directamente a información sobre las geometrías de los estados de transición, y sobre los mecanismos de reacción en general, aunque los modelos cualitativos continúan siendo necesarios para estudiar sistemas demasiado grandes para un tratamiento de mayor rigor. Puede acudirse también a los cálculos de química cuántica para obtener información que complemente los datos experimentales o que los sustituya, como por ejemplo cargas atómicas para análisis cuantitativos de relaciones estructura-actividad (QSAR), o potenciales intermoleculares para cálculos de mecánica y dinámica moleculares.

Spartan se ha desarrollado para los sistemas operativos Windows, Macintosh, Linux y UNIX. La versión más reciente, Spartan’06, está disponible actualmente para Windows y Linux, y permite tanto realizar los cálculos localmente como remitir los trabajos a un servidor externo Linux (incluyendo clusters). La compilación de Spartan’06 se ha realizado con la versión más reciente de los compiladores Intel, resultando un incremento global de velocidad cercano al 25 % para ambas versiones Windows y Linux (respecto a sus versiones previas), independientemente de cambios de algoritmo.



PRINCIPALES CARACTERISTICAS


INTERFAZ GRÁFICA DE USUARIO

Constructor orgánico - Constructor inorgánico - Constructor de péptidos - Constructor de nucleótidos - Constructor de sustituyentes - Constructor 2D (requiere ChemDraw) – Estado de transición automático - Librería de estado de transición - Acceso a las bases de datos - Acceso al portapapeles - Detección automática de tautómeros -Extracción de ligandos unidos -Descriptores de función química -Mostrar/manipular modelos estructurales –Medir geometrías, áreas, volúmenes – Animaciones - Alineación molecular - Hoja de cálculo y representaciones de datos - Análisis de regresión lineal.



FORMATOS COMPATIBLES

Importar/exportar: SYBYL MOL y MOL2 – PBD – MACROMODEL - MDL SKC, TGF y SDF - SMILES – ficheros CIF y XYZ. Guardar/exportar: JPEG – PNG - BMP – AVI.



TAREAS

Energías - Geometrías de equilibrio - Geometrías del estado de transición – Confórmelo de menor energía - Distribución de confórmeros - Perfiles de energía – Termoquímica - Análisis de similitud.



ESPECTROS

Infrarrojos - UV/vis – RMN.



PROPIEDADES

Energía de solvatación – LogP - Área superficie polar - Área polar por ESP – Cargas Muliken - Cargas atómicas naturales - Cargas ajuste electrostático - Momentos dipolo - Momentos superiores – Polarizabilidades – Hyperpolarizabilidades – Electroganitividad - Qmenos y Qmas - Área y volumen molecular - Forma molecular - Entalpía, entropía y energía libre - Recuento grupos dadores y aceptores de hidrógeno - Recuento centros ionizables.



MÉTODOS/CONJUNTOS BASE

SYBYL - MMFF94 - MMFF94aq - MNDO, MNDO(d) - AM1 - PM3, PM3 extensiones metales de transición - RM1 - Hartree-Fock - DFT (local, BP, BLYP, EDF1, B3LYP) - TDDFT (local, BP, BLYP, EDF1, B3LYP) - MP2, MP3, MP4, LMP2 - Resolución de imagen MP2 (RI-MP2) - CCSD CCSD(T), OD, OD(T) - QCCSD, QCCSD(T) - CISD, CISD(T) - QCISD, QCISD(T) - T1 - G2, G3, G3(MP2) - STO-3G - 3-21G - 6-31G* - 6-311G* - cc-pVTZ – Pseudopotenciales – Funciones polarización – Funciones difusas – Conjuntos de base adicionales y personalizados – Conjuntos de base duales.



MODELOS GRÁFICOS

Orbitales superfi cies, contornos, mapas – Densidad superfi cies, contornos – Densidad espín superfi cies, contornos – Mapas potencial ionización localizado – Potencial electrostático superfi cies, contornos, mapas – Destacar regiones accesibles – Animaciones – Biopolímeros estilo cinta – Planos defi nidos – Mostrar enlaces hidrógeno.



CARACTERÍSTICAS ADICIONALES

Simetría – Restricciones y/o átomos congelados – Inversión automática centros quirales – Centrado automático en pantalla – Acceso portapapeles cortar/pegar – Enviar moléculas como lista simple – Capacidad envío remoto – Acceso en linea a PDB – Espectros experimentales IR y UV/vis del NIST - Espectros experimentales RMN de U. Colonia.



BASE DE DATOS MOLECULAR SPARTAN

(SDB): 140.000 moléculas – Búsqueda por nombre – Búsqueda por fórmula, isómero, peso – Espectros – Base de datos de Reacciones Spartan.


sábado, 5 de septiembre de 2009

Cómputo educativo (Modelo Jonassen, Modelo NOM)

Modelos para sistematizar el cómputo educativo






Simulación de sistemas usando STELLA


Stella es un programa de simulación por computadora, que proporciona un marco de referencia y una interfaz gráfica de usuario para la observación e interacción cuantitativa de las variables de un sistema.

La interfaz se puede utilizar para describir y analizar sistemas biológicos, físicos, químicos o sociales muy complejos. Complejidad que se puede representar muy bien, con sólo 4 elementos o bloques de construcción: stock, flujo, conector y convertidor.
ELEMENTOS BASICOS DE STELLA

Stock: Es un símbolo genérico para cualquier cosa que acumula o consume recursos. Por ejemplo. Agua acumulada en una tina de baño. En cualquier tiempo, la cantidad de agua en la tina refleja la acumulación del agua que fluye desde la llave, menos lo que fluye hacía el drenaje. La cantidad de agua es una medida del stock de agua.

Flujo: Un flujo es la tasa de cambio de un stock. En el ejemplo de la tina de baño, los flujos son el agua que entra y el agua que sale.

Convertidor: Un convertidor se utiliza para tomar datos de entrada y manipularlos para convertir esa entrada en alguna señal de salida. En el ejemplo de la tina de baño, si se toma el control de la llave que vierte el agua al interior, el convertidor toma como entrada esta acción en la llave y convierte la señal en una salida que se refleja en la salida de agua.

Conector: Un conector es una flecha que le permite a la información pasar entre: convertidores; stocks y convertidores; stocks, flujos y convertidores. Un conector cuya dirección va de un convertidor 1 a un convertidor 2 significa que el convertidor 2 es función del convertidor 1. En otras palabras, el convertidor 1 afecta al convertidor 2.

El cuadro 1 proporciona ejemplos de variables que se pueden clasificar como stock’s y flujos (entre muchas otras).
ENTORNO DE TRABAJO

Esta herramienta de modelación presenta tres grandes capas:

  • La de “mapeo”, que permite definir valores iniciales de stock’s, flujos o conectores, donde también se muestra una elegante presentación del modelo ya terminado. Se podría considerar la fase de “dibujo” del sistema, donde se definen la estructura y el aspecto que presenta cada componente.
  • La capa de “construcción” del modelo, que en conjunto con la capa anterior constituyen la verdadera área de trabajo, ya que aquí se definen los valores iniciales de las variables y de las tasas de cambio.
  • La capa de “ecuaciones matemáticas” utilizadas en el modelo, que el usuario puede evitar si no le interesa mucho la parte matemática del modelo.

STELLA EN LA EDUCACION E INVESTIGACION

La educación e investigación resultan mucho más interesantes cuando se sale de la biblioteca y se ofrece la oportunidad de crear, experimentar y ver por uno mismo. STELLA ofrece una forma práctica de visualizar y comunicar dinámicamente cómo funcionan los sistemas complejos en la realidad.

Ya sea que estén por primera vez o modeladores de experiencia, profesores, estudiantes, y los investigadores usan STELLA para explorar y responder a las preguntas interminables, como:

• ¿Cómo el cambio climático influyen en un ecosistema en el tiempo?
• ¿Cómo los precios del petróleo cambian frente a las perturbaciones de la oferta y/o la demanda?
• ¿Qué pasará cuando haya desaparecido la capa de ozono?
• ¿Cómo los principios básicos macroeconómicos afectan el ingreso y el consumo?


El patrón de oroFácil de usar, los modelos de STELLA ofrecen oportunidades interminables para explorar preguntando: "¿qué pasa si", y viendo lo que sucede, inspirando a los emocionantes momentos de aprendizaje.

Miles de educadores e investigadores han hecho de STELLA el patrón oro, utilizándolo para el estudio de todo, desde la economía hasta la física, de la literatura hasta el cálculo, de la química hasta la política pública. K-12, la universidad, y las comunidades de investigación han reconocido la capacidad única de Stella para estimular el aprendizaje.


El aprendizaje compartido

Usted sabe que sus alumnos han aprendido cuando pueden, a su vez, explican. Los modelos STELLA le permiten comunicar cómo trabaja el sistema (lo que pasa adentro, cómo el sistema se ve afectado, cuáles son los resultados)

STELLA soporta diversos tipos de aprendizaje con una amplia gama de características de la narración. Diagramas, gráficos, y ayuda visual animada para que los estudiantes descubran las relaciones entre las variables de una ecuación.

Los estudiantes podrían rodear los modelos visuales con palabras o adjuntar documentos para explicar el impacto de una nueva política ambiental.


Utilice STELLA para:

• Simular un sistema en el tiempo.
• Saltar la brecha entre la teoría y el mundo real.
• Permitir a los estudiantes crear cambios de sistemas.
• Enseñar a los estudiantes a buscar relaciones
• Comunicar claramente las entradas y salidas del sistema y demostrar los resultados.


CARACTERISTICAS PRINCIPALES

Cartografía y modelado
• Interfaz gráfica intuitiva basada en iconos que simplifica la construcción de modelos.
• Valores y diagramas de flujo soportan el lenguaje común de los sistemas inteligentes y proporcionan datos sobre cómo los sistemas trabajan.
• Los tipos de poblaciones mejoradas permiten procesos discretos y continuos con soporte para colas, los hornos y un refuerzo de los transportadores
• Las ecuaciones del modelo se generan automáticamente y son accesibles por debajo de la capa de modelo.
• Las funciones integradas facilitan operaciones matemáticas, estadísticas, y lógicas.
• Matrices simples representan un modelo de estructura repetido.
• Sub-modelos soportan estructuras de modelos jerárquicos.


Simulación y Análisis de:

• Simulaciones "corren" los sistemas en el tiempo.
• El análisis de sensibilidad revela puntos de influencia clave y condiciones óptimas.
• Simulaciones del modelo parcial se centran en el análisis de sectores específicos del modelo
• Los resultados son presentados en forma de gráficos, tablas, animaciones, películas QuickTime, y archivos.


Comunicación:

• Los simuladores de vuelo y paneles describen los componentes del modelo y facilitan la manipulación.
• Los dispositivos de entrada incluyen botones, deslizadores, interruptores y botones.
• Los dispositivos de salida destacan los resultados con luces de advertencia, textos, gráficos, tablas y reportes
• Storytelling soporta la revelación del modelo paso a paso.
• Gráficos Sketchable permitir una fácil comparación de los resultados esperados con simulaciones reales.
• Guardar como opción de tiempo de ejecución crea pantalla completa, los modelos de tiempo de ejecución
• Soporte multimedia con desencadenantes gráficos, películas, sonidos y mensajes de texto basados en las condiciones del modelo
• Modelo de características de seguridad permiten el bloqueo o la protección por contraseña.


Requisitos del sistema


Mínimos de Windows:

• Procesador Pentium
• Microsoft Windows™ 95/98/NT/2000/XP.
• 32 MB RAM
• 35 MB de espacio en disco duro
• Pantalla VGA de al menos 256 colores
• QuickTime (opcional)


Mínimos de Macintosh:

• PowerPC
• Mac OS 8.6 o superior (Versión Inglés)
• 64 MB de RAM (16 MB disponibles para el programa)
• 35 MB de espacio en disco duro
• 256 colores
• QuickTime (opcional)